Учеными Университета Гренобля и МФТИ под руководством Сергея Грудинина создан высокоэффективный метод расчета кривых рассеяния рентгеновских лучей для анализа белковых молекул в растворе «Pepsi-SAXS», работающий от 5 до 50 раз быстрее, чем его аналоги. Результаты опубликованы Международным союзом кристаллографии в журнале Acta Crystallographica.
Белки имеют сложную структуру и чрезвычайно маленький размер — порядка нескольких нанометров. Для их изучения приходится изобретать необычные методы, поскольку любое воздействие может разрушить образец или изменить его свойства. Знание о структуре биомолекул и о механизмах их работы позволяет разрабатывать новые лекарства не методом проб и ошибок (высокопроизводительного скрининга, если говорить строго), а основываясь на рациональной базе.
Одним из способов изучения является анализ отраженных от белка рентгеновских лучей. Ученые используют именно рентгеновский, а не обычный свет, поскольку их интересуют атомные размеры, порядка 1/10000 микрона. Видимый свет — это чуть меньше микрона. Поэтому для того, чтобы посмотреть на такие мелкие объекты, нужен свет с очень короткой длиной волны. Таким свойством как раз и обладают рентгеновские лучи.
Мария Гаркавенко, соавтор работы, студентка МФТИ: «Метод «Pepsi-SAXS» позволяет эффективно и высокоточно строить кривые рассеяния, а также анализировать трехмерную структуру образца. К примеру, «Pepsi-SAXS» позволяет повысить эффективность моделирования и предсказания трехмерных структур макромолекул и многого другого».
Малоугловое рассеяние рентгеновских лучей (SAXS) — это тип малоуглового рассеяния, в котором рентгеновское излучение рассеивается от образца и затем собирается под очень малыми углами. Получается график зависимости интенсивности рассеяния от угла падения. На основе этого графика проводится сравнительный анализ с экспериментальной базой образцов, и затем делается вывод о структуре и свойствах исследуемого белка.
По сравнению с другими методами определения структуры, SAXS гораздо проще и дешевле. Не требуется долгой специальной подготовки образцов, заморозки или кристаллизации белковых соединений. Образцы измеряются прямо в растворе в функциональном состоянии. Таким образом серьезно улучшается достоверность результатов, поскольку при проведении подготовки образец может менять свое состояние и свойства. Еще одним очень важным преимуществом метода является то, что разрушительное воздействие рентгеновских лучей на экспериментальный образец незначительно.
Но до недавнего времени методы SAXS обладали существенным недостатком — сложностью вычислений, сильно ограничивающей количество экспериментов. На обработку данных только одного эксперимента могло уйти до 10 часов. В стандартном подходе количество вычислений прямо пропорционально квадрату числа атомов образца, а это число составляло более тысячи. Первая идея, позволяющая упростить расчеты, пришла к немецкому ученому Генриху Штурману в 70-е годы прошлого века. Он предложил описывать рассеяние от молекулярных соединений при помощи специальных сферических функций. Уже тогда подход показал свою эффективность. Очень много в этой области было сделано выпускниками советской школы, в частности, Дмитрием Свергуном (сейчас работает в Гамбурге), кторый написал большой Пакет Atsas для всевозможных аспектов малоуглового рассеяния на биомолекулах. Эти наработки исследователи использовали в своей работе.
Андрей Казённов, соавтор работы, аспирант МФТИ: «Pepsi-SAXS» расшифровывается как «Polynomial expansions of protein structures and interactions’ Small-angle X-ray Scattering» — адаптивный метод для быстрого и точного вычисления малоугловых профилей рентгеновского рассеяния. «Pepsi-SAXS» может подстраиваться под размер анализируемого образца и точность экспериментальных данных».
Дополнительно ученые создали эффективную модель водной оболочки анализируемых белковых соединений, что серьезно улучшает точность результатов работы методики.
Сергей Грудинин, руководитель исследования: «Метод был проверен на большой выборке данных, собранных из двух крупнейших биологических баз данных, BioIsis и SASBDB. Мы продемонстрировали, что «Pepsi-SAXS» работает от 5 до 50 раз быстрее, чем ранее применяемые методы CRYSOL, FoXS и трехмерный метод Цернике в SAStbx. При этом «Pepsi-SAXS» не только не уступает им в точности, а даже выигрывает».
Помимо этого, особое внимание было уделено анализу получаемых результатов и их автоматическому сопоставлению с экспериментальными данными.
На рисунке №1 представлены результаты одной из серий экспериментов — сравнение работы различных применяемых на сегодня методов расчета на образце SASDAW3 из базы данных SASBDB. На графике показана средняя интенсивность рассеяния от угла рассеяния.
Работа методов на образце SASDAW3
